Hallo,
formal gilt immer das Gesetz zu dem Zeitpunkt, an dem das Verfahren eingeleitet wurde, hier also mit der Einreichung des Bauantrags. Wenn sich was ändert, dann ist das halt so, muss aber erstmal nicht berücksichtigt werden. Ausnahmen können den Übergangsvorschriften (§86) der Bauordnung entnommen werden. Dort stehen auch einige Hinweise drin, was ergänzt werden muss, wie in §86, Abs.2.
Ggf. beruft sich das Amt auf §85, dann muss aber auch sauber begründet werden. Einfach "wir haben jetzt was Neues, einmal anpassen bitte" ist keine saubere Begründung.
Fragen Sie doch mal nach der Rechtsgrundlage, wo es steht, dass Sie anpassen müssen. Das Amt kann Ihnen da sicherlich schnell eine Antwort nennen, worauf es sich beruft...
PS: Die Antwort des Amts würde mich auch mal interessieren.