Hallo Herr Boazar,
nur die Bauaufsicht darf Abweichungen genehmigen, der Prüfsachverständige für Brandschutz darf das nicht. Das Konstrukt funktioniert anders:
Der Prüfsachverständige bescheinigt einen Brandschutznachweis.
Mit der Bescheinigung für den Brandschutznachweis bestätigt er, dass die Voraussetzungen für Abweichungen vorliegen.
Die Bauaufsicht genehmigt die Abweichung nicht, weil sie sachlich für den Brandschutz nicht zuständig ist.
Im Prinzip kann man sich das so vorstellen, dass Erleichterungen durch den Sachverständigen bescheinigt werden, für die man keine Abweichungsentscheidung durch die Bauaufsicht benötigt.
Daneben sind die Bescheinigungen Brandschutz immer aus sich heraus rechtswirksam. Also egal, ob ein Bauantrag gestellt wird oder nicht oder wann dieser gestellt wird: Wird nach der Bescheinigung Brandschutz I gebaut, gelten auch die Abweichungen für das Bauvorhaben als nicht genehmigungsbedürftig. Die Bescheinigungen Brandschutz I + II verwirken also - anders als eine Baugenehmigung - nach einer gewissen Zeit nicht. Der Bauherr macht höchstens keinen Gebrauch davon.
In Ihrem Fall ist es also so: Es wurden keine Abweichungen genehmigt, sondern ein Brandschutznachweis bescheinigt.
Soll nach einem anderen Brandschutzkonzept gebaut werden, ist alles komplett neu zu beantragen (wobei der Bauherr entscheidet, ob dann die Bauaufsicht oder nach wie vor ein Sachverständiger prüft). Wird nach dem alten Brandschutznachweis gebaut, ist alles in Ordnung.
Die Bescheinigung Brandschutz II hat in Ihrem Fall keinen Einfluss auf die Antwort zu Ihrer Fragestellung.
Dabei gilt aber dennoch zu beachten: Bestandsschutz genießen nur (insgesamt) rechtmäßig errichtete Bauvorhaben. Ein Gebäude oder auch nur ein Gebäudeteil, das - wie hier - nie errichtet (bzw. nie umgebaut) wurde, kann keinen Bestandsschutz haben.
Die rechtmäßige Errichtung kann bei Bauvorhaben mit Abweichungen im Sachverständigenverfahren (wegen der sachlichen Zuständigkeit) nur mit der Bescheinigung Brandschutz II belegt werden, und nur dann tritt auch die (in die Zukunft gerichtete) formelle Rechtmäßigkeit der Abweichungen von Bauvorschriften ein.
Gruß
Alexander Vonhof