Nein, das sehe ich nicht ganz so. Eine vollständige Begründung würde allerdings den Rahmen hier sprengen. Vielleicht nur so viel (ist aber auch noch lang genug):
"Gesondert schriftlich" zu beantragen heißt etwa so viel wie "der Wille muss ausdrücklich erkennbar und nieder geschrieben sein". Das gilt auch dann, wenn der Brandschutznachweis durch einen Sachverständigen geprüft wird, ansonsten ist der Brandschutznachweis als Bauvorlage nicht vollständig (Art. 64 Abs. 2 BayBO). Ist der Brandschutznachweis aber nicht vollständig (der Prüfsachverständige prüft nun einmal die Vollständigkeit und Richtigkeit), kann er nicht bescheinigt werden. Ob eine Bauvorlage vollständig ist, kann sich wiederum im Ermessen nur nach der BayBO, den Verordnungen und den allgemeinen Verwaltungsgrundsätzen richten. Insofern kommt es m.E. nicht darauf an, dass Art. 63 Abs. 1 Satz 2 nun ausdrückt, dass es keiner (weiteren) Zulassung einer Abweichung durch die Baubehörde bedarf, wenn im Sachverständigenverfahren geprüft wird; dieser Passus vermeidet lediglich die "Doppelprüfung" von Abweichungen und bewirkt die berühmte "materielle Legalitätsfiktion". Er greift m.E. jedoch nicht in die Anforderungen ein, wie Bauvorlagen auszusehen haben, und wann sie vollständig sind.
Abschließend vielleicht noch der Hinweis, dass die Bescheinigung isolierter Abweichungen im Sachverständigenverfahren (auch hierfür gilt ja der Art. 63 BayBO) ohne gesonderten schriftlichen Beantragung von Abweichungen überhaupt nicht funktionieren könnte. Insofern ist da aber auch nicht zu unterscheiden.
Aber wenn ihr bei euch Brandschutznachweise aufstellt oder prüft, macht ihr das ja auch nicht anders?
Gruß
Alexander Vonhof